Le 6 juillet 1969, le Tour de France propose une étape en deux parties : le matin, un contre-la-montre individuel de 9 km à Divonne-les-Bains, et l’après-midi, une étape en ligne de 137 km entre Divonne-les-Bains et Thonon-les-Bains. Le leader du classement général est le Belge Eddy Merckx, qui porte le maillot jaune depuis la deuxième étape.
Le contre-la-montre est un exercice où Merckx excelle. Il réalise le meilleur temps en 11 min 1 s, devançant son compatriote Herman Van Springel de 15 secondes et le Français Roger Pingeon de 19 secondes. Il s’agit de sa troisième victoire d’étape sur ce Tour, après celle du ballon d’Alsace et celle du Puy-de-Dôme. Il augmente ainsi son avance au classement général, où il compte désormais plus de cinq minutes d’avance sur Pingeon, son dauphin.
Merckx confirme sa domination sur ce Tour, qu’il remportera finalement avec plus de 17 minutes d’avance sur Pingeon et près de 23 minutes sur Raymond Poulidor. Il réalisera le grand chelem en gagnant également le classement par points, le classement de la montagne et le classement du combiné. Il sera le premier coureur à réaliser cet exploit dans l’histoire du Tour.